Matratzenauflagen sollen den Zweck erfüllen, die Matratze zu schonen und vor Beschädigungen und Verschmutzung zu schützen. Besonders wichtig sind Matratzenauflagen in einem Kinderbett, vor allem dann, wenn Babys oder Kleinkinder in dem Bett schlafen. Wichtig sind in diesem Fall die Matratzenauflagen vor allem dann, wenn keine Windeln mehr benutzt werden, das Kind aber noch ab und zu den richtigen Zeitpunkt verpasst, rechtzeitig den Nachttopf zu benutzen. Durch eine Matratzenauflage wird verhindert, dass Nässe und schlechte Gerüche von der Matratze aufgenommen werden, welche sich unter Umständen sehr schlecht wieder entfernen lassen. Die meisten Matratzenauflagen können in der Waschmaschine gewaschen werden.
Dieselben Probleme können ältere Menschen betreffen. Bei Erwachsenen wird dieses Problem als Inkontinenz bezeichnet. In Pflegeeinrichtungen, Altenheimen und Krankenhäusern werden immer Matratzenauflagen verwendet, nicht nur, weil die Matratze unter Umständen so verunreinigt wird, dass diese unbrauchbar wird, sondern auch aus dem Grund, damit nicht für jeden neuen Patienten eine neue Matratze gekauft werden muss. Genau wie bei Säuglingen und Kleinkindern werden für Patienten in Pflegeeinrichtungen und Krankenhäusern Matratzenauflagen mit einer Auflage aus Gummi verwendet.
In der eigenen Wohnung werden, um einen erholsamen und tiefen Schlaf haben zu können, meist sehr kostspielige Matratzen gekauft. Eine Matratzenauflage verhindert eine Abnutzung der Oberfläche durch häufige oder heftige Bewegung während eines unruhigen Schlafes. Matratzenauflagen saugen den Schweiß auf und schützen so die Matratze vor der Entstehung unangenehmer Gerüche.
Im Handel erhältlich sind auch medizinische Matratzenauflagen, beispielsweise für Allergiker oder für Rheumatiker. Matratzenauflagen für Rheumatiker besitzen zusätzlich ein wärmende Auflage, welche Rheuma lindert. Matratzen für Allergiker können in der Waschmaschine bei Temperaturen von 60 Grad Celsius gewaschen werden, somit wird ein sicheres Abtöten von Hausstaubmilben gewährleistet.
Matratzenauflagen werden auch speziell für den Sommer und für die kalte Jahreszeit angeboten. Matratzenauflagen für den Winter besitzen zusätzlich wärmende Auflagen. Matratzenauflagen werden von verschiedenen, namhaften Herstellern, wie, um nur einige zu nennen, Dunlopillo, Malie, Tempur, Werkmeister, Garanta und Frankenstolz.